La Section 9 est une unité haute­ment profes­sion­nelle, impliquée dans les affaires d’es­pion­nage les plus sales. Une mysté­rieuse cyber-pirate pénètre les réseaux les mieux proté­gés. Kusa­nagi suspecte le minis­tère des affaires étran­gères et surtout un programme top secret : le Projet 2501.