Toujours consi­dé­rés comme des monstres par une société qui les rejette, les mutants sont une nouvelle fois au centre des débats alors qu’un crime effroyable commis par l’un d’eux relance la polé­mique autour de l’Acte d’En­re­gis­tre­ment des Mutants et le mouve­ment anti-mutants, dirigé par l’an­cien mili­taire William Stry­ker. Quand ce dernier lance une attaque contre l’école de mutants du Profes­seur Charles Xavier, les X-Men se préparent à une guerre sans merci pour leur survie, aidés de Magnéto, récem­ment évadé de sa cellule de plas­tique. Paral­lè­le­ment, Wolve­rine enquête sur son mysté­rieux passé, auquel Stry­ker, dont on dit qu’il a mené de nombreuses expé­riences sur les mutants, ne serait pas étran­ger…