Miche­lan­gelo, Dona­tello, Leonardo et Raphael sont de retour pour affron­ter des méchants toujours plus forts et impres­sion­nants, aux côtés d’April O’Neil, Vern Fenwick et d’un nouveau venu, le justi­cier masqué hockeyeur Casey Jones. Après son évasion de prison, Shred­der asso­cie ses forces à celles d’un savant fou Baxter Stock­man et de deux hommes de main aussi bêtes que costauds, Bebop & Rocks­teady. Leur objec­tif : lancer un plan diabo­lique pour régner sur le monde entier ! Alors que les Ninja Turtles s’ap­prêtent à défier Shred­der et son nouveau gang, ils doivent rapi­de­ment faire face à une menace tout aussi grande : le célèbre Krang !